В задачи нового научно-методического сектора вошла разработка основных направлений развития научно-просветительской работы, подготовка и повышение квалификации экскурсоводов, проведение мероприятий по совершенствованию качества экскурсий и повышению их идейно-теоретического уровня, руководство работой творческих секций экскурсоводов.

К этому времени общее количество музейных предметов насчитывало около 30 тысяч единиц хранения. Помимо живописных произведений русских и советских художников, гравюр и литографий XVIII–XIX веков, мозаичных миниатюр, подлинных чертежей периода строительства собора и произведений декоративно-прикладного искусства из цветного камня и бронзы в основной фонд были включены элементы художественно-декоративного убранства храмов-памятников.

Для реставрации мозаик храма-памятника в объединении «Реставратор» создается специальная бригада мастеров во главе с художником-мозаичистом В. А. Шершневым. После того, как в соборе были установлены строительные леса и проведено детальное обследование мозаичного декора, В. А. Шершнев и начальник научно-исследовательского отдела СНПО «Реставратор» М. Г. Колотов разработали методики реставрации и воссоздания утраченных композиций.

К юбилейной дате в музее была подготовлена выставка «Исаакиевский собор в изобразительном искусстве». На ней помимо экспонатов ГМП «Исаакиевский собор» были представлены уникальные произведения живописи XVIII–XX веков, гравюры и литографии из фондов Государственного Эрмитажа, Государственного Русского музея, Государственного музея истории Ленинграда, а также произведения советской живописи и графики.
Для экспозиции, которая была развернута в зале музея, было подготовлено специальное оборудование – стенды на лёгких металлических подставках, обтянутые белым репсом и отделанные ореховым шпоном.
Также была проведена конференция, посвящённая 50-летию музея, которая охватывала следующие темы:
 • создание филиала музея в бывшем храме Воскресения Христова (Спас на Крови);
 • музей «Исаакиевский собор» за 50 лет;
 • живопись Исаакиевского собора;
 • проблемы эстетического и атеистического воспитания в работе музея «Исаакиевский собор» на современном этапе;
 • послевоенная реставрация музея-памятника «Исаакиевский собор»;
 • Исаакиевский собор и Спас на Крови – уникальные памятники русского мозаичного искусства первой половины XIX – начала XX вв.;
 • скульптура Исаакиевского собора.

Приступить к реставрации каменной отделки в интерьере собора стало возможным только после восстановления отопительно-вентиляционной системы здания. После просушки мастера начали приводить в порядок серпентенитовую облицовку стен. С поверхности камня снимали образовавшуюся темную гипсовую корку, натеки, заполняли утраты и мастиковали трещины, раковины и сколы с помощью специального состава.
Камень многократно шлифовали и лощили его поверхность, чтобы сделать ее гладкой и матовой. На завершающем этапе камень покрывали предохранительным раствором.
Длительную и кропотливую работу по сохранению каменной отделки интерьера выполняли мастера бригад А. А. Щербакова и С. И. Радченко.

Для новой экспозиции были реконструированы стенды и их освещение; почти все копии в разделах, посвящённых истории проектирования и строительства здания, были заменены подлинниками.
В тематико-экспозиционный план новой экспозиции были введены такие важные разделы, как топография живописи и скульптуры собора.

Учитывая высокую историческую ценность Сампсониевского собора и уникальность его убранства, а также его неудовлетворительное состояние и необходимость серьезных ремонтно-реставрационных работ, 16 февраля 1984 года Исполком Ленгорсовета принял решение № 108 о передаче Сампсониевского собора в качестве филиала Государственному музею-памятнику «Исаакиевский собор».

При выполнении реставрационных работ в фонарике над главным куполом Исаакиевского собора маятник был демонтирован в связи с технической усталостью элементов крепления. Было принято решение о разборке настила, где был закреплен маятник, и подвеске посеребрённого голубя, исторически находившегося на этом месте. Работы выполняла бригада верхолазов-реставраторов А. М. и Д. М. Кунгуровых под руководством С. Г. Земляничкина.

В целях сохранения одного из первых храмов-памятников Санкт-Петербурга, построенного в XVIII веке, с 1986 по 1999 годы проводились крупномасштабные ремонтные и реставрационные работы.
После изучения исторических документов, разработки методик и проведения инженерно-технических работ приступили к реставрации внутреннего декоративного убранства собора. За этот период были отреставрированы и возвращены на свои исторические места 22 иконы южного и 18 икон северного иконостасов, 12 икон Лицевых святцев, восстановлены декоративные росписи главного придела. Отреставрировано медное посеребрённое паникадило и изготовлены 3 новых паникадила. Ремонтно-восстановительные работы осуществлены в здании собора, часовне и колокольне, приведен в порядок надгробный памятник на могиле «Врагам Бирона».

В 1901 году на заводе Харламова изготовили 196 керамических изразцов для декорирования фасадов храма Воскресения Христова (Спас на Крови). Они были выполнены в технике декоративной майолики из высококачественной глины большой плотности. К началу реставрационных работ на фасадах собора недоставало 45 изразцов, которые необходимо было воссоздать. Методику воссоздания и реставрации керамических изразцов разработал художник-керамист СНПО «Реставратор» М. Ю. Ассеев. Уцелевшие изразцы нуждались в чистке и частичном восстановлении.

Государственный музей-памятник «Исаакиевский собор» стал первым среди музеев, перешедшим на хозрасчёт и полное самофинансирование. Директор музея Г. П. Бутиков отказался от государственных дотаций не только на содержание всего музейного комплекса, но и на реставрацию Исаакиевского собора. Решение о переводе ГМП «Исаакиевский собор» в порядке эксперимента на полный хозяйственный расчет и самофинансирование было поддержано Главным управлением культуры Ленгорисполкома и утверждено Министерством Культуры РСФСР приказом № 133 от 4 апреля 1988 г.
Процедура перевода музея «Исаакиевский собор» на хозрасчет была обоснована решением Ленгорисполкома № 524 от 4 июля 1988 г. Одновременно с этим было утверждено общее положение о хозрасчетном культурно-просветительном учреждении с определением показателей и нормативов.