В 1961 году вновь проводились геодезические обследования здания музея «Исаакиевский собор».
Во время обследования изменений вертикального смещения пола в экспозиционном зале не обнаружено. Не произошло смещения оснований портиков и колоколен. Не изменили своего положения и пилоны. Однако часть колонн портиков дала отклонение центров наружу.

После длительного перерыва, связанного с Великой Отечественной войной, выходит первое издание малоформатного альбома «Музей-памятник "Исаакиевский собор"», составленного М. Г. Колотовым. Небольшой по формату альбом содержал краткую историю строительства собора и многочисленные черно-белые иллюстрации. Впоследствии он еще несколько раз переиздавался с некоторыми дополнениями.

В 1962 году вышла в свет брошюра, подготовленная знатоком архитектуры Санкт-Петербурга и специалистом в области охраны и реставрации архитектурных памятников архитектором А. Л. Ротачом, руководившим комплексной реставрацией здания. Книга знакомила с историей проектирования и строительства Исаакиевского собора, его художественными и инженерно-техническими особенностями, а также кропотливой работой реставраторов.

По распоряжению Ленгорисполкома № 47-Р от 12 января 1963 года приказом Управления культуры Ленгорсовета № 7 от 25 января Государственный музей-памятник «Исаакиевский собор» был реорганизован в филиал Государственного музея истории Ленинграда «в целях сокращения административно-управленческих расходов» на содержание музеев, подведомственных управлению культуры Исполкома Ленсовета.

После окончания реставрационных работ в куполе собора были разобраны простоявшие 50 лет в центральной части здания высотные металлические леса. Это позволило в полном объеме раскрыть перед посетителями возрожденное реставраторами убранство интерьера и акцентировать завершенность послевоенного этапа восстановления собора.

В 1965–1966 годах была изменена вспомогательная экспозиция.
К этому времени посещаемость музея достигла 1 миллиона человек в год. При такой посещаемости сравнительно громоздкие стенды, витрины и подставки усложняли регулирование потока посетителей и экскурсионную работу.
Вновь созданная экспозиция отличалась от прежней. Ее архитектурно-художественное решение сводилось к принципу максимальной подчинённости интерьеру здания, нейтральности по отношению к декору. Стенды, подставки и витрины отличались простотой и лёгкостью конструкции, скромностью оформления. Это было новым шагом к экспонированию художественного убранства самого памятника.
Материал экспозиции носил больше исторический, чем художественный характер. На 15 стендах были размещены фотографии и копии рисунков, литографий и чертежей.

С. К. Кузнецов передал полномочия директора Георгию Петровичу Бутикову, который возглавлял музей более 30 лет (до марта 2002 года).
При нем в состав музея в качестве филиалов вошли находившиеся в аварийном состоянии храм Воскресения Христова (Спас на Крови) с ризницей и Сампсониевский собор. Таким образом был создан уникальный музейный комплекс, объединивший храмы-памятники, относящиеся к различным историческим периодам.
Благодаря научному подходу в реставрации, на который опирался Г. П. Бутиков, и музеефикации этих объектов исключительные по своему убранству образцы церковной архитектуры были сохранены для последующих поколений и стали гордостью Санкт-Петербурга.

Учитывая уникальность музея-памятника «Исаакиевский собор», Главное управление культуры обратилось с просьбой к Министерству культуры РСФСР о придании ему нового статуса.
В июле 1969 года решением Ленгорисполкома № 593 музей «Исаакиевский собор» был выделен в самостоятельную организацию. Это дало возможность дирекции музея самостоятельно заниматься вопросами реставрации.